Diệt chủng Rwanda bắt đầu vào ngày 9 tháng 4 năm 1994, ngay sau vụ ám sát Habyarimana. Những người Hutu có vũ trang đã được dàn quân khắp đất nước. Họ thiết lập các điểm kiểm soát để thủ tiêu những người Tutsi từ phần còn lại của cá đám đông di tản. Những người Hutu từ chối tham gia vào cuộc thảm sát đã bị tấn công.[5][6][7] Vào ban đêm, người dân ở Butare xem ánh lửa từ các ngọn đồi ở phía tây, và có thể nghe thấy tiếng súng từ các ngôi làng gần đó. Khi Hutus vũ trang tập trung tại các cạnh của Butare, công dân của Butare bảo vệ biên giới của mình[8]

Để đối phó với cuộc nổi dậy, chính phủ lâm thời của Rwanda Pauline Nyiramasuhuko từ Kigali, thủ đô, để can thiệp vào thị trấn nhà của bà Butare. Bà ra lệnh cho thống đốc vào lúc đó tổ chức các vụ giết người. Khi ông từ chối, ông đã bị giết chết, và Nyiramasuhuko gọi lực lượng dân quân từ Kigali[9].

Ngày 25 tháng 4 năm 1994, hàng ngàn người Tutsi đã tập trung tại sân vận động nơi mà Hội Chữ thập đỏ đã cung cấp thực phẩm và nơi trú ẩn. Nyiramasuhuko được cho là đã dàn xếp một cái bẫy ở sân vận động. Các nhóm bán quân Hutu Interahamwe, dẫn đầu là Arsène Shalom Ntahobali, con trai 24 tuổi của Pauline, bao quanh sân vận động. Người tị nạn đã bị hãm hiếp, tra tấn, bị giết, và cơ thể của họ đã bị đốt cháy. Nyiramasuhuko bị cáo buộc đã nói với dân quân, "trước khi bạn giết những người phụ nữ, bạn cần phải hãm hiếp họ". Trong sự kiện khác, bà đã ra lệnh người của mình lấy các can xăng từ xe hơi của mình và sử dụng chúng để đốt một nhóm phụ nữ đến chết, để lại một nạn nhân bị hiếp dâm còn sống làm nhân chứng[8].

Bà rời Rwanda vào năm 1994 sau diệt chủng và đã đi đến Cộng hòa Dân chủ Congo. Bà bị bắt vào năm 1997 tại Nairobi, Kenya cùng 10 người: con trai Arsène Shalom Ntahobali, cựu Thủ tướng Chính phủ Jean Kambanda và tám người khác[10][11].